Турнирная таблица: Премьер-Лига, 2006
| # | Команда | И | В | Н | П | Мячи | О |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  ЦСКА |
30 | 17 | 7 | 6 | 47–28 | 58 |
| 2 |  Спартак |
30 | 15 | 13 | 2 | 59–36 | 58 |
| 3 |  Локомотив |
30 | 15 | 8 | 7 | 47–34 | 53 |
| 4 |  Зенит |
30 | 13 | 11 | 6 | 42–30 | 50 |
| 5 |  Рубин |
30 | 13 | 7 | 9 | 43–37 | 46 |
| 6 |  ФК Москва |
30 | 10 | 13 | 7 | 41–37 | 43 |
| 7 |  Луч-Энергия |
30 | 12 | 5 | 12 | 37–39 | 41 |
| 8 |  Томь |
30 | 11 | 8 | 11 | 35–33 | 41 |
| 9 |  Спартак Нл |
30 | 11 | 8 | 11 | 33–32 | 41 |
| 10 |  Крылья Советов |
30 | 10 | 8 | 12 | 37–35 | 38 |
| 11 |  Сатурн |
30 | 7 | 16 | 7 | 29–24 | 37 |
| 12 |  Ростов |
30 | 10 | 6 | 14 | 42–48 | 36 |
| 13 |  Амкар |
30 | 8 | 11 | 11 | 22–36 | 35 |
| 14 |  Динамо |
30 | 8 | 10 | 12 | 31–40 | 34 |
| 15 |  Торпедо |
30 | 3 | 13 | 14 | 22–40 | 22 |
| 16 |  Шинник |
30 | 1 | 8 | 21 | 17–56 | 11 |